Fondi për Sigurimin e Depozitave është një skemë financuar ex-ante, që akumulon fonde nëpërmjet grumbullimit të premiumeve të sigurimit të depozitave nga bankat anëtare.

Financimi fillestar për FSD-në është dhënë nga kontributet e paguar në kapital nga ana e Qeverisë së Republikës së Kosovës, përmes Ministrisë së Financave (MF) dhe Qeverisë Federale Gjermane (përmes KfW).

Kapitali fillestar është dhënë për të mbështetur themelimin e sistemit për sigurimin e depozitave në Kosovë duke kapitalizuar FSD-në me 15.5 milion euro, ku 11 milion Euro janë siguruar nga Qeveria e Kosovës (përmes MF-së), ndërsa qeveria gjermane (përmes KfW) ka dhënë 4,5 milionë euro. Pjesë e angazhimit financiar të Qeverisë së Kosovës në vlerë prej 2.9 milionë eurosh është financuar nga IDA kredi (nëpërmjet Bankës Botërore).

Për të mbështetur rritjen e limitit të sigurimit të depozitave, Qeveria Gjermane (nëpërmjet KfW) ka rritur kontributin e kapitalit në shumën prej 2 milion euro.

Burimet kryesore të financave të FSD-së janë premiume të vazhdueshme tremujore të paguara nga anëtarët dhe kthimet  nga investimeve përmes aktiviteteve investuese.