FSDK qeveriset nga Bordi Menaxhues dhe përbëhet nga pesë anëtarë të emëruar nga Banka Qendrore e Republikës së Kosovës.
- Guvernatori i Bankës Qendrore ose përfaqësuesi i autorizuar i tij
- Një përfaqësues nga Ministria e Financave
- Drejtori Menaxhues i FSDK-së
- Një (1) ekspert me përvojë në fushën e sigurimit të depozitave dhe financave
- Një (1) ekspert – Auditor i certifikuar
Aktualisht, Bordi Menaxhues i FDSK-së përbëhet nga anëtarët si në vijim:
- Z. Ahmet Ismaili, Guvernator i Bankës Qendrore të Republikës së Kosovës
- Z. Vern McKinley, Anëtar (ekspert – në fushën e sigurimit të depozitave dhe financave)
- Znj. Fetije Ukaj, Anëtar (ekspert – Auditor i certifikuar)
- Znj. Shqipe Devaja, Anëtar (Drejtoreshë Menaxhuese)